1、微生物菌種選擇
動物消化道微生物具有多樣性和特異性，不同動物種類對菌種的要求不同，同一菌株用于不同動物，產(chǎn)生的效果差異也較大。使用時一定要掌握菌種的特性和功效，選擇不當起不到應有效果，反而會破壞原有菌群，甚至引發(fā)疾病
2、微生物菌種應用時間
微生物制劑應用要從子畜開始使用，以保證有益菌優(yōu)先定植。因為制劑進入體內(nèi)后要有一段時間進行微生物菌群調(diào)整才能定植下來。
一般認為，乳酸菌類在各種動物的各階段添加均較好，芽孢桿菌類在生長期添加較好，在幼齡期可以添加;曲霉菌類在幼齡期，水產(chǎn)動物全期不必添加;酵母菌類在生長期不必添加;在水產(chǎn)動物養(yǎng)殖中，以改善水質(zhì)為目的時，可將微生物制劑或光合細菌直接灑于水中。
3、微生物菌種添加方式
一般粉狀飼料添加微生物制劑效果較好，顆粒飼料和膨化飼料在加工過程中的高溫可造成10%~30%的芽孢桿菌，90%以上的腸球菌以及99%以上的酵母失活，而乳酸桿菌幾乎全部被殺滅。因此，在顆粒飼料中要使用耐熱，耐擠壓的芽孢桿菌制劑。乳酸菌不耐高溫，應采用凍干后包被或采用噴霧干燥的方式制成的乳酸菌制劑。使用時采用飲水方式，以利于乳酸菌優(yōu)先粘附于腸壁。
4、微生物菌種劑量與濃度
微生物制劑中必須含有相當數(shù)量的活菌才能達到效果。當進入動物腸道食糜中外源菌數(shù)大于1000萬個每克時，都會對腸道內(nèi)原有菌群產(chǎn)生較大的影響。因此，微生物制劑在產(chǎn)品中活菌數(shù)含量為10億~20億每克時效果*。
我國正式批準的微生物制劑中規(guī)定每克芽孢桿菌含量要多于5億個。以酵母菌產(chǎn)品為例，目前市場上銷售的產(chǎn)品活菌數(shù)從每克幾億到200億不等，在選擇是要認真鑒別。
5、微生物菌種抗生素的影響
細菌類的微生物制劑對抗生素敏感，不宜與抗生素同時使用，使用微生物制劑的前后二天應停止使用抗生素。先用抗菌藥物清理腸道，為益生菌的定植和繁殖掃除障礙，然后再飼喂微生物制劑，可提高使用效果。酵母菌類屬于真核生物，生物學活性與細菌*不同，對抗生素、磺胺類藥物和一些抗菌劑有天然抗性，可與抗生素同時使用。
6、微生物菌種保存條件和期限
微生物制劑均為活菌制劑，由于大多數(shù)菌種在飼料加工、運輸中容易失活，應用中要注意保存期限。通常微生物制劑應密封保存于陰涼避光處，儲存時間不宜過長，有效期一般為一年左右，隨著保存時間的延長，活菌數(shù)量不斷減少。厭氧菌類暴露在空氣中容易死亡，有的產(chǎn)品對其進行了包被或真空包裝處理，應在打開包裝后規(guī)定的時間內(nèi)用完。酵母類屬于兼性厭氧菌，可以保存較長時間。芽孢桿菌類有效期比其他類型長，可達2年左右。